Ayant été sur forumactif pendant trois ans, dont deux ans en tant que membre du staff (maintenant à la retraite), je peux dire qu'il y a pas mal de différences. Forumactif a été monté pour faire en sorte que son système soit accessible au plus grand nombre, et quand tu crées un forum, un compte à ton nom est créé sur le serveur et le script est installé automatiquement, tandis que pour phpBB2/phpBB3, tu dois télécharger le package du script et l'installer sur un compte FTP que tu te seras créé.
Oui, il est possible de modifier les templates sur FA, mais cette option est payante, pour des raisons d'accessibilité au plus grand nombre, parce que c'est n'est pas tout le monde qui maîtrise le (x)HTML, et donc un plantage d'affichage causé par une balise mal fermée, ou fermée sans être ouverte est si vite arrivé, et combien de fois j'ai eu à dépanner du monde qui postait pour des problèmes d'affichage car leur code dans le message d'accueil avait pleins d'erreurs.
Au niveau du panneau d'admin, il y a également pas mal de différences en raison des MODs personnalisés qui ont été ajoutés par l'équipe technique au fil des années. Par exemple, la gestion des style est très différente, puisque la gestion des images, couleurs et CSS se passe dans le panneau d'admin (accessibilité oblige).
Et comme les autres disent, pour la base de données, tu dois prendre en compte le long terme, donc si tu penses avoir à déménager par la suite, le forum que tu installes toi-même sera plus avantageux, car tu pourras faire une sauvegarde de ta base pour ensuite la migrer sur un autre hébergeur. C'est d'ailleurs ce que j'ai eu à faire quand le premier hébergeur que j'avais pris (Olympe-Network) avait subi une attaque de pirates qui avaient vidé tous les serveurs, même les backups. J'avais donc pris la sauvegarde la plus récente et réinstallé le forum sur Servhome (où j'y suis encore, leur support est très réactif en plus d'être orienté communautaire). Tu as de toute façon les indications dans la documentation pour les migrations d'un hébergeur à l'autre.
Quant aux manipulation dans les fichiers, une base en PHP aide beaucoup, en particulier pour prévenir les erreurs de syntaxe, et je conseille Notepad++ pour l'édition de tes fichiers puisque tu as la coloration syntaxique, une fonction très utile que le bloc-note et Wordpad n'ont pas.
Et si t'as pas encore suivi de cours de XHTML/CSS et de PHP, je te conseille ce site :
http://www.siteduzero.com[EDIT] J'oubliais : Tu peux tester phpBB3 en local si t'as installé Wampserver sous windows.